2000
Mit einem großen Fest und der Postkartenaktion "Die Donau soll leben " setzt sich der BN für den Schutz des letzten frei fließenden Donauabschnittes in Deutschland ein.
Beim Jahrtausendfest der Bayern in Regensburg pflanzen BN-Mitstreiter einen Milleniumshain aus 2000 Linden und anderen Laubbäumen.
Weil Bayern mit der Meldung von FFH-Gebieten im Verzug ist, erstellt der BN eine eigene Liste mit Gebietsvorschlägen für das europäische Schutzgebietssystem NATURA 2000 .
Im Sommer fällt der Startschuss für die "SandachseFranken ", ein Großprojekt zum Schutz von Sandlebensräumen, das der BN gemeinsam mit dem LBV und dem Deutschen Verband für Landschaftspflege durchführt.
Der BN unterstützt die Umweltpoltik der Bundesregierung mit der Postkartenaktion "Ja zur Ökosteuer ". 

2001
Zusammen mit anderen Umweltverbänden gründet der BN das Bürgerwaldforum , das sich für die ökologischen und  Wohlfahrtsfunktionen des Staatsforstes stark macht.
Der BN-Vorsitzende Hubert Weinzierl wird zum Präsidenten des Deutschen Naturschutzringes (DNR) gewählt und erhält im selben Jahr das Bundes-verdienstkreuz.
Die Agrarwende wird eingeleitet - und damit Forderungen verwirklicht, die der BN schon seit vielen Jahren formuliert hatte.

2002
Der BN beteiligt sich mit zahlreichen Seminaren und Veranstaltungen am Jahr der Berge und engagiert sich für ein modernes Verkehrsnetz aus Bus und Bahn.
Im Sommer startet der BN eine eigene Amphibienwebsite .
Nach 33 Jahren gibt Hubert Weinzierl sein Amt als BN-Voristzender zurück. Neuer BN-Chef wird der bisherige Landesbeauftragte Prof. Dr. Hubert Weiger .
Der Donaukongress in Niederalteich befasst sich im Jahr der großen Flut mit den Anforderungen an einen flächengreifenden, ökologischen  Hochwasserschutz.

2003
Im 90sten Jahr seines Bestehens startet der BN die groß angelegte Aktion "Bayerns Schönheit bewahren " gegen den zunehmenden Flächenver-brauch.
Der Internetauftritt erhält ein neues Gesicht und wird über die Kreisgruppen zu einem verbandsweiten Internetportal ausgebaut.