Der Bau des Kanals verursachte nicht nur einen Riss in der Landschaft, sondern auch einen in der Bevölkerung. Gegner auf Seiten des Bundes Naturschutz wie Martha Krieger erinnern sich, dass nicht nur die Kanalgegner angefeindet wurden, sondern selbst deren Kinder in den Schulen. Beziehungen und Freundschaften wurden zerstört, der Widerstand wurde dämonisiert. Kritische überörtliche Berichterstattung wurde als Nestbeschmutzung und als tourismusfeindlich geschmäht.
Am 19. und 20. Mai 1979 fand ein "Totentanz im Altmühltal" statt, Organisatoren war die Wolfratshausener Künstlergruppe "Schwarzmaler". Groß war die Kritik daran, dass es hauptsächlich Auswärtige waren, die sich an der Aktion beteiligten – und sogar nackt in der Altmühl badeten. Man sprach von Berufsdemonstranten. Seinen bei einem Fackelzug mitmarschierenden Sohn riss der Vater die Fackel aus der Hand und warf sie in den Fluss. Es waren erstrangig die Jüngeren, die dem Widerstand zuneigten.
900.000 Unterschriften gegen den Kanal
Formen des Widerstands waren ein bundesweite Unterschriftenkampagne gegen den Kanal, die 900.000 Unterzeichner fand, und eine Klage des Bundes Naturschutz als Besitzer eines Grundstücks in Prunn, die aber 1985 vor dem Bundesverwaltungsgericht scheiterte. In kleinen Schritten wurden durch Beteiligungen, Stellungnahmen und Gutachten Verbesserungen erzielt. In einem Sitzungsprotokoll aus dem Jahr 1986 steht zu lesen: "Jede getroffene Maßnahme zur Sanierung des Flußes ist praktisch unwiderruflich, wird große Auswirkungen auf den Fluß und das Umland haben, die sich über Generationen auswirken, so daß eine gewissenhafte, realistische Entscheidung unbedingt geboten erscheint." Festgestellt wurde, der "BN werde mit allen Mitteln der Verbands- und Öffentlichkeitsarbeit jede halbherzige Lösung bekämpfen, die ohne erschöpfende Sammlung flußmorphologischer Entscheidungsgrundlagen durchgepeischt wurde".
Frust und Wunden
Noch heute sind die gesellschaftlichen Verwundungen zu spüren, die im Kampf gegen den Kanal entstanden: "Man hat für die Heimat gekämpft, aber sie nicht hinter sich gehabt", sagt Krieger. Nicht wenige der damals Beteiligten sind heute nicht mehr am Leben, viele andere sind frustriert, haben sich zurückgezogen und erinnern sich nicht mehr gern. Peter Forstner, der heutige Vorsitzende der BN-Kreisgruppe Kelheim, sagt unumwunden: "Die meisten haben die Schnauze voll." Neben den Anfeindungen entstand der Frust vor allem wegen eines ständig präsenten Gefühls der Ohnmacht den Kanalbauern gegenüber. Veränderungen der Bauplanung und Verbesserungen des Naturschutzes erfolgten bestenfalls als Tagesgeschäft in kleinsten Schritten. Die Missachtung der Natur schmerzte. Im Zug des Baus der Riedenburger Schleuse beispielsweise wurden das Riedenbuger und das Haidhofer Altwasser einfach zugeschüttet, ohne vorher wenigstens abzufischen. Die Belange der Natur spielten dauerhaft bestenfalls eine untergeordnete Rolle.